史懷哲是一位著名的管風琴師。他對巴哈的音樂特別情有獨鍾。他自己建立一種簡單的表演風格，他認為比較接近巴哈的原意。他對巴哈的理解建基於重新評估巴哈的宗教意圖。十八歲，他到巴黎師從管風琴泰斗魏多。當時他利用唱頌讚美詩內容來解釋巴哈詩歌前奏的意象完全不是老人家所見的方法，讓魏多感到十分驚訝。在1908年最終版本的《約翰·塞巴斯蒂安·巴哈》一書中，他所主張的這個新風格對現今處理巴哈音樂的手法有重大影響。

魏多與史懷哲合作編定了巴哈管風琴的作品集。他的小冊子《德法兩國管風琴的製造與演奏風琴的技巧》（1906年）牽起了二十世紀一股風琴改革運動（Orgelbewegung）。雖然改革運動遠超史懷哲的預期，但它讓人擺脫了浪漫主義的極端，並重新發現巴洛克的信條。

哲 學

史懷哲的世界觀就是以尊重生命（"Ehrfurcht vor dem Leben"）為基礎，他相信這就是他對人類作出最偉大的貢獻，他認為西方文明因為慢慢放棄肯定生命為倫理基礎，所以變得腐化。
以尊重生命為最高原則就是他牢固的信念。類似尼采對生命的興奮，史懷哲誠然跟隨了和俄國人列夫·托爾斯泰一樣的路線。當年有些人把他的哲學與聖方濟各的作比較。在《文明的哲學》的第26章，他寫道：

True philosophy must start from the most immediate and comprehensive fact of consciousness: 'I am life that wants to live, in the midst of life that wants to live'.

真正的哲學必須由全面而直接的知覺事實開始：'我是想要活下去的生命，與許多也想活下去的生命一起存活。

生命與愛在他眼中也是沿著同樣的信念，尊重每一個生命，尊重個人與宇宙的精神關係。對他來說，倫理包含了強迫對每個願意活著的生命表示同樣的尊敬。縱使有時環境不容許，不應該引領到失敗主義之上。因為願意活著會促使自我更新，是演變必要的結果，是精神領域的現象。

史懷哲在他的一生都主張尊重生命。他堅持歷史上的啟蒙時期慢慢自行沒落和墮落的原因是沒有足夠的思想準備但卻強行跟從這樣的倫理。因此，他期望有一個更新的有深度的文藝復興和人道啟蒙。他不斷期盼人類對自己在宇宙中有更深的醒覺。他的樂觀全依對真理的信賴，「來自真理的精神比環境所推動的精神更偉大。」他恆常地強調思考的必要性多於為刺激作反應或跟從最廣泛的意見行事。